Les pouvoirs de décision concernant le déroulement du projet PN EMACOP sont confiés à un Comité Directeur dont la composition et le mode de désignation sont définis dans la charte. Le Comité Directeur, qui se réunit 2 fois par an, arrête le programme de chaque tranche et approuve les budgets et commandes à passer aux prestataires. Pendant toute la durée du projet, le programme, le budget et le plan de financement du projet EMACOP pourront être modifiés, si nécessaire, par le Comité Directeur du PN en accord avec la DRI.
La charte prévoit que le Comité Directeur missionne un Comité de pilotage et de coordination pour animer, coordonner et prendre toute décision ne pouvant attendre les réunions du Comité Directeur.
Un Comité Scientifique et technique propose au Comité Directeur les détails des actions à réaliser, le choix des prestataires et les montants pour chaque commande de la participation du Projet National. Il se réunit autant que de besoin à l’initiative de son Président. Tous les partenaires qui le souhaitent peuvent assister aux réunions du Comité Scientifique et Technique.
La gestion administrative et financière sera assurée par l’IREX en qualité de Mandataire du Projet.